El objetivo de un tratamiento de Shiatsu es favorecer el fluyo constante y armónico del ki por los meridianos y por todo el cuerpo. Para ello, el terapeuta aplica técnicas de diagnóstico y de tratamiento. Mientras la Medicina Occidental suele concentrarse en el tratamiento de síntomas particulares, en la filosofía de la Medicina Oriental se considera el ser humano de forma integral, no separando el físico, emocional, mental y espiritual, y desarrolla su labor a partir de las causas de malestar y enfermedades. Por una parte las técnicas de diagnóstico en el Shiatsu tienen como objetivo encontrar bloqueos y vacíos de ki en el cuerpo humano. Por otra parte las técnicas de tratamiento se aplican para equilibrar dichos bloqueos y vacíos de energía, activando de esta forma un flujo armónico del ki en todo el cuerpo. Gracias al flujo constante del ki se activan los sistemas de autodefensa, se refuerza el sistema inmunológico y se mejora el bienestar en general.